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福建醫科大學圖書館現由上街校區圖書館、臺江校區圖書館、四所直屬附屬醫院（附屬第一醫院、附屬第二醫院、附屬協和醫院、附屬口腔醫院）分館三個部分組成，總建筑面積2.8萬平方米，館藏總量150萬冊。其中，紙質館藏79.2萬冊，數字館藏95.8萬冊。已形成以現代醫學和生物學科為主、以人文社會學科為輔的具有本校特色的館藏體系。福建醫科大學圖書館內部管理機構設有辦公室、采訪編目部、流通部、期刊與檢索部、技術部、醫學文獻檢索教研室、圖像技術部等部門。圖書館面向全校讀者（含附屬醫院讀者）提供數字化文獻信息服務，所有數字資源網上24小時開放服務。兩校區圖書館提供書刊借閱、音像制作、文獻復制、遠程傳遞、檢索查新、參考咨詢等業務服務，以及醫學文獻檢索教學和學報編輯、出版、發行。同時開展讀者輔導講座，在職繼續教育培訓，特色數據庫建設，學術研究活動，以滿足各層次讀者需求。
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